Ғылыми Кеңес ЖОО-ның стратегиялық дамуының негізгі мәселелері талқыланатын және шешімдері қабылданатын жоғары оқу орнын алқалық басқару түрлерінің бірі болып табылады. ҚҚЭУ-дің Ғылыми кеңесі университеттің ең үздік профессорлар-оқытушылар құрамы мен студент жастар құрамынан тұрады. Әлемнің ең беделді университеттері сияқты ҚҚЭУ-дің Ғылыми Кеңесі мына мақсатта құрылған: 1.Мамандарды даярлауда жоғары сапаны қамтамасыз ету, 2.Ғылыми зерттеулер жүргізу, 3.Студенттерге тәрбие беру, 4.Қазақстан Республикасының білім беру саласында мемлекеттік бағдарламалардың жүзеге асырылуын қамтамасыз ету.
